反渗透水过滤设备主要用于水质净化，随着反渗透设备的运行时间增加，反渗透膜表面会推挤一层垢物，会影响反渗透膜的过滤性能。所以正确清洗反渗透设备非常重要，须严格按照清洗步骤进行，以防因操作失误而损坏设备。清洗方法主要有三种：
1、低压冲洗反渗透设备：定期对反渗透设备进行大流量、低压力、低pH值的冲洗，有效剥除附着在膜表面上的污垢，维持膜性能，当反渗透设备进水突然升高超过5.5以上时，应进行低压冲洗，待调至合格后再开机。
2、反渗透膜化学清洗：在正常运行条件下，反渗透膜也可能被无机污垢、胶体、微生物、金属氧化物等污染，沉积在膜表面，引起净水设备反渗透装置出力下降或脱盐率下降、压差升高，甚至对膜造成不可恢复的损伤。因此，需要对膜进行化学清洗，恢复良好的透水和除盐性能。
3、反渗透水过滤设备停运保护：由于生产的波动，反渗透设备不可避免地要经常停运，短期或长期停用时必须采取保护措施，不适当地处理会导致膜性能下降且不可恢复。