1、防止微生物对反渗透膜的污染
　　在运行过程中，需严格控制进入反渗透的进水水质，控制进水的微生物量，定期分析反渗透给水、浓水及反渗透产水的细菌总数，计算细菌变化数值。当发现浓水中的细菌总数明显增加，则反渗透膜上可能发生粘泥污染。在夏季可每周对其进行细菌分析对比，冬季频度可减缓。在实际运行过程中，应严格控制加药量，防止药剂尤其是还原剂超标。因为当进水中存在硫还原菌(SBR)，亚硫酸会成为细菌营养，为细菌的繁殖提供温床。
　　2、防止膜的降解和破坏
　　芳香聚酰胺膜材质脱盐率高、通量大、操作压力要求低，并有很好的机械稳定性、热稳定性、化学稳定性及水解稳定性，但不耐游离氯，抗结垢和污染能力差。运行中需严格控制进水余氯。一般情况下可通过游离氯监测仪或ORP监测仪。监测仪对进水余氯进行监测，仪表需进行定期校验。当余氯含量超过限值时，水不能进入反渗透装置。当余氯不慎进入反渗透装置后，需用过量亚硫酸氢钠(还原剂)去除余氯。
　　3、反渗透膜进行定期清洗
　　反渗透装置每次停运前，对其进行去离子水对其进行大流量低压冲洗，可降低膜污堵速度，也可延长反渗透膜的化学清洗周期。反渗透膜达到化学清洗要求或一段时间后，根据不同，使用不同药剂对反渗透膜进行化学清洗，可使装置运行性能较为提高。